Las enfermedades periodontales son un significativo problema mundial a nivel de salud humana. Décadas de investigaciones, evidencian que en la mayoría de los casos la periodontitis crónica es la más común, caracterizada por ser de evolución lenta, con formación de bolsas periodontales, posterior reabsorción del hueso alveolar, pérdida y destrucción de piezas dentarias y tejido óseo. Si bien se reconoce el origen multifactorial en el desarrollo de la periodontitis, es relevante la participación de la microbiota subgingival en la etiología de la enfermedad periodontal. Algunas de las especies bacterianas patógenas que han sido asociadas con el desarrollo de la enfermedad periodontal son Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Tannerella forsythia, Fusobacterium nucleatum, entre otras.En este estudio, nos propusimos investigar cuáles de éstas cinco especies estaban presentes en las bolsas periodontales de 51 pacientes uruguayos con periodontitis crónica. Para alcanzar éste objetivo se utilizó una técnica convencional microbiológica y metagenómica (multiplex-PCR). Los resultados de la técnica convencional microbiológica evidenciaron la presencia de A. actinomycetemcomitans (33%) y de bacterias negras pigmentadas anaerobias (100%) en las muestras. De los resultados obtenidos en la multiplex-PCR, se demostró que las especies de mayor prevalencia fueron F. nucleatum (100%), T. forsythia (92%) y P. gingivalis (88%). Por el contrario, las especies de menor prevalencia fueron P. intermedia (39%) y A. actinomycetemcomitans (33%).