La producción lechera en Uruguay alimenta anualmente a unos 20 millones de personas, unas siete veces más que el consumo dentro del país. Del total de productores un 27% se dedica a la producción artesanal de quesos. En este trabajo se analizaron muestras de leche y queso con distintos tiempos de maduración, provenientes de cuatro productores artesanales de queso colonia. Se evaluó y cuantificó la dinámica estacional de la microflora presente en leche cruda y quesos artesanales, con énfasis en la población de microorganismos esporulados anaerobios (Clostridium spp.). Así como también el efecto del proceso de termización de la leche destinada a la producción quesera en la población de Clostridium. En cuanto a la microflora presente en la leche cruda, se observaron diferencias entre los distintos productores, en algunos casos estadísticamente significativas, pero sin tendencias claras para ningún grupo de microorganismos específicos. Con respecto a la evaluación de la dinámica estacional de los distintos grupos microbianos, no se hallaron diferencias significativas. Sin embargo, se destaca una menor variación de los recuentos entre productores en la estación de otoño y una mayor variabilidad para los muestreos de invierno y verano. La presencia de esporas anaerobias se constató a lo largo de todas las muestras de leche en un rango de 3.02x10² y 1.51x10⁴ esporas/L. Se observaron diferencias significativas entre los distintos productores en los muestreos de invierno y primavera. En la mayoría de los casos las esporas presentes en la leche permanecieron en los quesos elaborados a partir de la misma, con excepción de tres casos en los que el recuento de esporas anaerobias en queso se ubicó por debajo del límite de detección de la técnica (<300 esporas/L). También se observó un mayor número de muestras positivas para la presencia de esporas anaerobias en los quesos de los productores que realizan tratamiento térmico previo. Los aislamientos de Clostridium fueron identificados como C. sporogenes y C. tyrobutyricum presentando una amplia diversidad genotípica dentro de cada especie, y con una distribución estacional diferencial. C. sporogenes presentó una distribución homogénea durante todo el muestreo, mientras que C. tyrobutyricum fue predominante en primavera.