Los objetivos de esta tesis fueron: 1) identificar enfermedades infecciosas/protozoarias de terneras/os lecheras/os asociadas al síndrome de diarrea neonatal, a falla en la transferencia pasiva de inmunidad (FTPI) y a mortalidad en rodeos comerciales, 2) caracterizar especies y subtipos de Cryptosporidium detectados en terneras/os neonatas/os de tambos del país para y determinar su eventual potencial zoonótico y su distancia con fuentes de aguas superficiales colectadas por plantas potabilizadoras de agua para consumo humano y 3) estimar las pérdidas económicas nacionales debidas a mortalidad de terneras lecheras durante el período de crianza para el sector primario en Uruguay. Para el primer objetivo se realizó un estudio de casos y controles de terneros diarreicos (n = 264) y no diarreicos (n = 271) de hasta 30 días de edad de 27 establecimientos. Las heces se analizaron mediante un ELISA de captura de antígeno para Cryptosporidium spp., rotavirus, coronavirus bovino y Escherichia coli F5+, y mediante cultivo selectivo para Salmonella enterica. La sangre/suero se analizó por RT-PCR o ELISA para detección del virus de la diarrea viral bovina. El suero de terneros de ≤ 8 días (n = 95) se evaluó mediante refractometría para determinar la concentración de proteínas totales en suero (PTS). Mediante un cuestionario se registró si los terneros muestreados murieron antes del desleche (período de crianza). Cryptosporidium spp. y rotavirus fueron los únicos patógenos que se asociaron estadísticamente con diarrea. Los terneros diarreicos, los terneros infectados con cualquiera de los patógenos y los terneros infectados con rotavirus tuvieron concentraciones significativamente más bajas de PTS, sugiriendo una FTPI. Los terneros diarreicos tuvieron mayor probabilidad de morir antes del desleche que los no diarreicos. Los terneros diarreicos infectados con S. enterica también tuvieron mayor probabilidad de morir. Para el segundo objetivo se seleccionaron heces de 255 terneros (170 diarreicos y 85 no diarreicos) que habían resultado positivas para Cryptosporidium spp. por ELISA de antígeno, y se procesaron mediante PCRs anidadas dirigidas a los genes 18S rRNA y gp60, seguidas de secuenciación para identificar los subtipos de C. parvum. En 166 muestras se detectaron 7 subtipos de C. parvum de los cuales 5 son zoonóticos. El subtipo IIaA15G2R1 fue el más frecuente (53,6%; 89/166), seguido por IIaA20G1R1 (24,1%; 40/166), IIaA22G1R1 (11,4%; 19/166), IIaA23G1R1 (3,6%; 6/166), IIaA17G2R1 (3%; 5/166), IIaA21G1R1 (2,4%; 4/166) e IIaA16G1R1 (1,8%; 3/166). No hubo diferencias significativas en las proporciones de terneros diarreicos y no diarreicos infectados con ninguno de los subtipos. Se detectaron dos conglomerados espaciales, uno de los cuales se superpuso con Montevideo y la principal planta de potabilización de agua (Aguas Corrientes) que abastece esta ciudad a partir del río Santa Lucía. Los terneros infectados en todos los establecimientos se encontraban dentro de los 20 – 900 m de un curso de agua superficial natural que drenaba los campos, 10 de los cuales fluían hacia seis plantas de potabilización de agua ubicadas entre 9 y 108 km aguas abajo. Cuatro de estos cursos de agua fluían río abajo hacia Aguas Corrientes. Para el tercer objetivo se desarrolló un modelo bioeconómico en Excel para simular la vida productiva de una hembra lechera bajo las condiciones de manejo y alimentación promedio de los establecimientos lecheros uruguayos. El costo total de criar una ternera desde el nacimiento hasta el desleche a los 75 días de vida fue de US$ 129,74 (US$ 1,77 ternera/día) y desde el nacimiento hasta el primer parto a los 33 meses de vida de US$ 589,89 (US$ 0,58/día), siendo los costos de alimentación y de mano de obra los principales contribuyentes al costo total durante estos períodos. La edad al repago de 52,7 meses de vida. El lucro cesante (costo de oportunidad) de una ternera que muere durante la etapa de crianza fue, en promedio, de US$ 2678,6, estimándose una pérdida de US$ 64.382.829 a nivel del sector primario en los años 2014 – 2020. Las diarreas neonatales infecciosas/protozoarias y la FTPI se asocian a morbimortalidad. Los terneros lecheros son reservorios de enteropatógenos zoonóticos y representan una potencial vía de contaminación de cursos de agua superficial captada por plantas potabilizadoras de agua para consumo humano y la mortalidad de terneras en la crianza causa pérdidas económicas multimillonarias para el sector primario en Uruguay.