La raza Cimarrón Uruguayo se genera de un núcleo reproductivo con un bajo número de machos, postulándose una alta consanguinidad. Se plantea: a) analizar su variabilidad genética por medio de marcadores moleculares de RAPDs; b) realizar un relevamiento decaracterísticas deletéreas; c) estudiar un animal intersexuado (nivel citogenético y molecular). Se emplearon once RAPDs en 40 muestras de ADN, perteneciente a dos zonas del país (sur y noreste). El promedio del índice de similitud de bandas (BSF) fue 0,91, indicando homogeneidad en ambas muestras. El polimorfismo de loci fue de 14,90 por ciento. La distancia genética de Nei fue de 0,1613 y el valor de identidad genética de 0,8511. Se relevaron características fenotípicas en 100 animales: obteniéndose un 4 por ciento de prognatismo, descartándose la presencia de sexta uña y carácter anuro. Se obtuvo un 2,27 por ciento de criptorquidismo bilateral. Se procesó un intersexo por cultivo linfocitario obteniéndose 68 por ciento de placas con 2n=78, XY y 32 por ciento con 2n=77, XO.