Los aspectos técnicos, políticos y administrativos del Ordenamiento Territorial Rural (OTR) están estrechamente enlazados, y difícilmente se pueden tratar de forma aislada. Incorporar a la Ciencia y a los científicos en el proceso de OTR permite mejorar algunos factores que definen la calidad del proceso (e.g., acceso a la información, percepción de los problemas, etc.), pero no otros (e.g., disputas de valores e intereses o asimetrías de poder). En su condición de conocimiento sistematizado, la Ciencia aporta un “banco de conocimientos” indispensable. A su vez, puede jugar otro papel clave al ofrecer esquemas de pensamiento y acción, en los cuales los criterios de verdad se asocian a evidencias empíricas y lógicas y no al principio de autoridad o al pensamiento mágico. La sociedad y el Sistema de Ciencia y Tecnología (SCyT) deberían identificar los casos en los que la participación es crítica y se requiere superar debates poco informados. La participación de la Ciencia y los científicos es clave cuando se debe disminuir la incertidumbre asociada a la toma de decisiones. Por su parte, se debería evitar la situación, menos reconocida, de forzar la incorporación del SCyT cuando no corresponde. La participación de los científicos tiene que ocurrir en colaboración estrecha con otros actores del proceso. No obstante, su participación en los procesos de OTR enfrenta muchos desafíos y problemas. Una lista no exhaustiva incluye los conflictos de interés, el reduccionismo y la consecución de la inter / trans / multidisplinariedad.