A partir del proceso de invasión y colonización europea del siglo XVI la presión antrópica sobre los recursos endógenos de los territorios americanos se ha incrementado de forma constante y creciente, y la tendencia continúa. La degradación del hábitat, derivadas de prácticas agrícolas no sostenibles, el desarrollo de infraestructuras de gran porte, la explotación no sostenible de recursos, la contaminación y las especies exóticas introducidas, siguen siendo las amenazas predominantes para la diversidad biológica, y sistémicamente contribuyen al declive de los servicios de los ecosistemas, y consecuentemente al bienestar humano. En un intento epistémico por diluir la dicotomía hombre – naturaleza, en este documento se conceptualiza genéricamente al territorio (humano) como el emergente cultural del sistema sinérgicamente acoplado {humano <-> soporte ambiental}. El concepto de paisaje utilizado en la tesis corresponde al enfoque de la ecología del paisaje que lo entiende como emergente perceptivo de los procesos de antropización del ambiente, permitiendo inducir interpretaciones sobre las presiones derivadas de las actividades humanas (urbanas, logísticas y agrícolas) que transforman el patrimonio territorial. Desde esta perspectiva el paisaje puede ser entendido como un indicador de la transformación territorial provocada por el hombre, siendo a la vez una externalidad perceptible del mercado de bienes y factores, aportando una comprensión del criptosistema ambiental desde el fenosistema. La temática abordada es el uso sustentable de los recursos naturales, siendo el problema la gestión del territorio en relación con la protección del patrimonio ambiental, la integralidad ecosistémica y los servicios ambientales. El documento revisa los conceptos e instrumentos funcionales para una gestión territorial sustentable del Uruguay. A tales fines se tratan en general las conceptualizaciones y estrategias contemporáneas de conservación del patrimonio ambiental y se pone foco el Sistema Nacional de Áreas Protegidas del Uruguay. El capítulo 1 establece las plataformas epistémicas y conceptuales para la elaboración de la tesis; el capítulo 2 trata sobre la lectura del territorio, su gestión, y las tendencias productivas y extractivas del caso uruguayo, en relación con la integralidad ecosistémica y los servicios ambientales, y presenta los enfoques emergentes de protección del patrimonio ecológico endógeno; el capítulo 3 presenta las normativas de alcance nacional referidas a la gestión territorial y a la protección ambiental e identifica las competencias institucionales; el capítulo 4 aborda el Sistema Nacional de Áreas Protegidas, sus antecedentes y estado de situación, sus perspectivas, y el encuadre de las APs en sus contextos productivos - territoriales; el capítulo 5 presenta las conclusiones de la tesis y propone un escenario deseado para la gestión territorial sustentable del patrimonio ambiental. Palabras clave: impactos antrópicos, gestión territorial, enfoques e instrumentos de protección ambiental, ecología del paisaje, áreas protegidas.