El lenguado, Paralichthys orbignyanus, es un pez eurihalino de alto valor comercial para la región. En su ambiente natural se encuentra expuesto a grandes variaciones de salinidad y perfil de ácidos grasos dietarios. Debido a estos factores, se presenta como una especie candidata a ser producida en acuicultura a bajas salinidades y con bajos niveles de aceite de pescado. Esto es debido a que las diferentes condiciones de salinidad, particularmente, salinidades bajas o salobres, podrían estimular la biosíntesis endógena de long chain poli-unsaturated fatty acids (LC-PUFA) en esta especie. En este trabajo hemos estudiado el efecto que tiene la salinidad sobre los niveles de expresión génica de las enzimas involucradas en la biosíntesis de LC-PUFA, fatty acid desatuarase 2 (fads2) y elongation of very long chain fatty acid (elovl) y hemos comparado estos resultados con el perfil de ácidos grasos a nivel de la musculatura. Para ello, hemos cultivado juveniles de lenguado a diferentes salinidades 2ppt, 10ppt, 18ppt y 26ppt y a una dieta pobre en LC-PUFA, pero rica en sustratos de biosíntesis, 18:2n-6 y 18:3n-3. Dada la ausencia de recursos genéticos para esta especie, hemos aplicado una metodología para la obtención de secuencias de interés mediante secuenciación masiva (mRNA-Seq) y ensamblado de novo del transcriptoma hepático. Los resultados obtenidos sugieren que el lenguado expresa de manera natural una fads2 y una elovl4. Las secuencias obtenidas permitieron el desarrollo de metodologías basadas en biología molecular para cuantificar la expresión génica de fads2 y elovl4. Ambos genes experimentaron un aumento de la expresión génica en el tratamiento de salinidad más bajo, 2ppt, mostrando los menores niveles de expresión a 18ppt y 26ppt. El contenido de lípidos totales mostró una adaptación a la salinidad observándose el mayor contenido de lípidos totales en la salinidad más próxima al punto isosmótico (10,9ppt) y decreciendo a medida que la salinidad de cultivo se aleja de este punto, hacia 2ppt y 26ppt. El perfil de ácidos grasos acompaña esta adaptación por medio de algunos ácidos grasos fundamentalmente monounsaturated fatty acids (MUFA) y poly-unsaturated fatty acids (PUFA), aunque también refleja el perfil de ácidos grasos de la dieta, por un aumento en sustratos de biosíntesis, α-linolenic acid (ALA) y linoleic acid (LA), y una reducción de los productos de biosíntesis arachidonic acid (AA), eicosapentaenoic acid (EPA) y docosahexaenoic acid (DHA). Los ácidos grasos relacionados con las rutas de biosíntesis de LC-PUFA, ALA, LA, AA, EPA y DHA, reflejan una adaptación a la salinidad preparando al lenguado para la biosíntesis de LC-PUFA en las salinidades más bajas y a la acumulación de LC-PUFA en las salinidades más altas, reflejando la clásica dicotomía entre ambientes de agua dulce y agua marina. Este patrón es evidente en el perfil de ácidos grasos en la porción de lípidos neutros, mientras que, en la fracción de lípidos polares, la adaptación de los ácidos grasos refleja el rol de éstos a nivel de las membranas para las diferentes salinidades de cultivo. Los resultados de este trabajo reflejan el gran potencial eurihalino del lenguado para ser cultivado a diferentes salinidades, demostrando la capacidad de adaptación por medio de cambios en la expresión de fads2 y elovl4 y por la adaptación del perfil de ácidos grasos a las diferentes salinidades de cultivo. A su vez, se abren nuevas interrogantes a desarrollarse en nuevas líneas de investigación hacia el desarrollo del lenguado en un marco de desarrollo sostenible de esta especie en el sector de la acuicultura.