Los murciélagos son el segundo orden más diverso de mamíferos y presentan una amplia gama de roles ecosistémicos, desde el consumo de insectos hasta la regeneración de bosques mediante polinización y dispersión de semillas. Debido a su gran diversidad y distribución cosmopolita resulta interesante estudiar virus asociados a ellos con una alta prevalencia. Recientemente hemos identificado Herpesvirus (familia: Herpesviridae) de las subfamilias Beta- y Gammaherpesvirinae en murciélagos autóctonos de varias especies. El objetivo de este trabajo fue profundizar en la caracterización genética de Herpesvirus con el objetivo final de estudiar la asociación entre murciélagos utilizando a los virus como marcadores de contacto poblacional. Las muestras se obtuvieron a partir de hisopados bucales. Se realizó extracción de ácidos nucleicos totales, amplificación genómica por PCR anidada de una región conservada de la ADN polimerasa viral y la Glicoproteína B, secuenciación y análisis filogenéticos. Se encontró alta prevalencia y diversidad de Herpesvirus, tanto en murciélagos insectívoros como hematófagos. Se observa una circulación parcialmente independiente de Gammaherpesvirus en Desmodus rotundus, formando un clado separado en la subfamilia Gammaherpesvirinae. En los murciélagos insectívoros, los resultados sugieren asociación entre especies que comparten refugios más allá de su cercanía filogenética. Se observa una mayor prevalencia en los adultos y al mismo tiempo una mayor probabilidad de compartir virus idénticos entre juveniles. Ambas observaciones pueden ser compatibles con una mayor diversidad de variantes coinfectando a los individuos adultos, asociado a un riesgo de infección creciente con la edad. A partir de estos resultados destacamos la idoneidad de estos virus para rastrear la estructura de la población de murciélagos vampiros con el fin de ser aplicados a estudios de circulación de virus rábico, y para analizar la dinámica de la población de sus huéspedes, incluidos el movimiento y la demografía.