El trabajo plantea el significado de la cuestión institucional en sus tres aristas – estructura-funcionamiento e identidad- en el proceso regional del MERCOSUR y se interroga sobre el papel que cumplen las instituciones en la articulación entre lo nacional y lo regional. Para ello ubica el tema en el contexto en que surgió el MERCOSUR y señala que la estructura institucional del momento fue funcional al desarrollo del proceso posibilitando un ordenamiento de la agenda regional y un efecto de derrame de creación institucional. Hacia el final de la década de los noventa comenzó a avizorarse el déficit institucional producto de los principios sobre los cuales se edificó el proceso. La cuestión institucional vuelve a plantearse durante el siglo XXI como uno de los temas prioritarios derivados del nuevo regionalismo. Sin embargo no se ha logrado trasladar el tema a un debate político-regional y por ende no se han dado pistas por parte de los Presidentes ni por parte de las instancias decisorias del MERCOSUR sobre los pasos y mecanismos para encarar una reforma o bien para plantear los ajustes y direccionalidad de los mismos. De ahí que los recientes acontecimientos sobre el ingreso de Venezuela volvieran a plantear el tema de la vinculación entre la estrategia del proceso, los instrumentos para alcanzar los acuerdos alcanzados y las instituciones. El trabajo termina con algunas conclusiones sobre las posibilidades abiertas con el ingreso de Venezuela para vincular los objetivos definidos con definiciones en la cuestión institucional.