En este trabajo, se estudian los factores que contribuyen a la segregación en la educación media básica en Uruguay, específicamente entre la educación secundaria (liceos) y la educación técnica (UTU). A partir de los datos del nuevo sistema de asignación de estudiantes implementado en 2019, se muestra que la participación relativa de estudiantes vulnerables en UTU duplica o incluso triplica la cantidad de estudiantes vulnerables en liceos. Con base al análisis de escenarios contrafactuales, se concluye, en primer lugar, que la segregación residencial no explica, al menos en su totalidad la segregación educativa. Es decir, este fenómeno estaría mediado por las preferencias de los estudiantes o por características distintas a la distancia. En segundo lugar, se utilizan métodos bayesianos para la estimación de las preferencias cardinales de los estudiantes. Se encuentra que los estudiantes no vulnerables derivan una mayor utilidad por los liceos que por concurrir a una UTU, mientras que para los estudiantes vulnerables dicha variable no es relevante o incluso pueden tener preferencia por concurrir a una UTU (una vez que se controló por la variable distancia). Por lo tanto, el uso del índice de vulnerabilidad como única prioridad de los centros y el componente diferencial en las preferencias de estudiantes vulnerables y no vulnerables, estaría contribuyendo a la segregación del sistema.