El objetivo de este trabajo fue caracterizar tres cultivares de boniato (Arapey, Beauregard y Cuabpé) y dos cultivares de zapallo (Atlas y Maravilla del Mercado) por el contenido de glucosa total, β–caroteno, α-caroteno, luteína, vitamina C, fibra dietética, materia seca, polifenoles totales y la capacidad antioxidante total en la pulpa cocida en horno microonda de las raíces y frutos almacenados (14 °C y 80% HR) durante seis meses. Además cuantificar la bioaccessibilidad in vitro de la glucosa y el β-caroteno y evaluar los cambios de algunos nutrientes en la pulpa cruda inducidos por la cocción. Todos los datos se expresan para 100 gramos de peso fresco. El contenido de glucosa total en la pulpa cocida de Arapey fue 17,2 g seguido de Beauregard (12,4 g) y Cuabé (12,2 g), y cuatro veces superior a la pulpa de los zapallos (3,5 g). Beauregard y Cuabé tuvieron muy alto contenido de β-caroteno (82,3 y 56,7 mg), mientras que en los zapallos fue más bajo (3,5 mg). Se observó en Maravilla del Mercado seis veces más de luteína (0,489 mg, Cucurbita maxima x Curbubita moschata) y siete veces menos de α-caroteno(3,0 mg), que en Atlas (Curcubita moschata). La vitamina C en la pulpa cocida fue 33,6 mg en boniatos y 32,7 mg en zapallos, y la fibra dietética del cultivar Arapey fue más alto (3,5 g) que en Beauregard (2,9 g) y Cuabé (2,4 g) siendo ésta similar en los dos cultivares de zapallo (2,9 g). El tiempo de almacenamiento modificó en boniatos y zapallos el contenido de glucosa total, carotenoides y el contenido de vitamina C de la pulpa cocida de los boniatos. La glucosa liberada en la digestión in vitro de la pulpa cocida de boniatos fue similar entre cultivares (Arapey 7,1 g; Beauregard 6,0 g; Cuabé 6,3 g) durante los seis meses del almacenamiento, a la vez que en zapallo la pulpa cocida de Maravilla del Mercado (1,2 g) liberó el doble de glucosa que Atlas (0,6 g). El β-caroteno liberado en la digestión in vitro fue mayor en Beauregard (5,1 mg) y Cuabé (4,8 mg) frene a Arapey (0,09 mg), y en Maravilla del Mercado (0,61 mg) y Atlas (0,13 mg). La cocción determinó en general una reducción del 5% a 20% de los nutrientes.