Esta investigación se orienta hacia el estudio de la participación estudiantil en Clubes de Ciencia, en particular, se examinó los efectos sobre la motivación estudiantil desde la perspectiva de la teoría expectativa-valor, con el rendimiento y la percepción que los estudiantes tienen sobre su capacidad (capacidad percibida). Participaron 72 estudiantes de bachillerato del departamento de San José, Uruguay, que integraron Clubes de Ciencia en 2017. Para medir la motivación se adaptó y validó, por expertos, un cuestionario basado en la teoría expectativa valor de Eccles, el cual contiene cuatro dimensiones: interés, utilidad, logro y costo. Se estudió también el perfil de seis docentes que deciden ser orientadores de estos Clubes de Ciencia. Entre los principales resultados obtenidos se destaca que los estudiantes plantearon que participar en Clubes de Ciencia fue una experiencia beneficiosa, interesante y que promovió el trabajo en equipo. La Feria Departamental de Clubes de Ciencia maximizó el interés y la actividad en los proyectos, incrementando el tiempo y la dedicación en las distintas actividades del proyecto como son la elaboración del póster y la escritura del informe. Los análisis estadísticos indicaron que existe una asociación positiva entre las dimensiones motivacionales de logro y utilidad, y entre las dimensiones de logro y costo personal, en tanto que entre el interés y la utilidad la asociación sería negativa. Los docentes por su parte identificaron como beneficios la mejora del trabajo en el aula, el interés de los estudiantes por la asignatura, así como la mejora del vínculo docente-estudiante y estudiante-estudiante. Como dificultad, los docentes encontraron que el tiempo destinado al proyecto de ciencia interfiere en el adecuado desarrollo de los contenidos curriculares.