En las últimas décadas, la forestación se posicionó como una de las principales actividades económicas del agro uruguayo. Eucalyptus globulus fue la especie preferida para la producción de pulpa de celulosa hasta que una enfermedad foliar afectó su productividad, lo que significó un riesgo al acceso a mercados internacionales. Eucalyptus smithii surgió como especie sustituta por poseer características similares a E. globulus. La expansión de E. smithii se vio afectada por una alta mortalidad de plantas, principalmente en los dos primeros años desde la plantación. Las plantas afectadas manifiestan podredumbre de raíces y cuello, reducción de masa radicular y decaimiento de la parte aérea, síntomas similares a los causados por patógenos de los géneros Phytophthora y Calonectria. Entre 2019 y 2021 se colectaron 132 plantas sintomáticas de 9 plantaciones comerciales y 60 plantines de 3 viveros, en el sur y sureste de Uruguay. De las 132 plantas se aislaron 32 cepas del género Phytophthora (Peronosporaceae) (24 %) y 17 cepas pertenecientes a la familia Nectriaceae (13 %), mientras que de los 60 plantines de vivero se aislaron 8 cepas de Nectriaceae (13 %). Dentro del género Phytophthora, P. alticola fue la especie predominante (n = 31), y la restante fue P. boodjera (n = 1). En cuanto a las cepas de la familia Nectriaceae, 15 correspondieron a Calonectria pauciramosa (9 de plantación y 6 de vivero), 2 a Dactylonectria novozelandica (de vivero) y las 8 restantes (de plantación) fueron descritas como Ilyonectria charruensis sp. nov. en este trabajo. Los estudios de patogenicidad confirmaron que todas las especies son capaces de infectar a E. smithii y reducir su masa radicular y aérea. Sin embargo, no se registraron muertes masivas similares a las observadas las plantaciones comerciales. Este hallazgo, junto a la baja frecuencia con que fueron aislados los patógenos, sugiere que los agentes bióticos no serían los únicos responsables de la mortalidad de E. smithii. Futuras investigaciones deberían explorar otros factores como el comportamiento según la procedencia de las semillas, los sistemas de producción y de plantación así como el manejo posterior al trasplante.