El pastizal o campo natural (CN), ecosistema dominante en Uruguay, es la base forrajera de la producción ganadera. Para levantar limitantes nutricionales del CN se realizan mejoramientos extensivos (CNMJ) que incorporan leguminosas y fósforo (P). Este aumento en la disponibilidad de P podría afectar las interacciones con hongos del suelo. El objetivo fue estudiar el efecto de los mejoramientos sobre comunidades de hongos endófitos radiculares: hongos micorrizógenos arbusculares (HMA) y hongos septados oscuros (DSE por sus siglas en inglés). Específicamente se analizó el efecto de esa práctica agronómica sobre el potencial micorrícico y el potencial de colonización por septados oscuros. En otoño de 2018 se muestreó suelo en seis sitios pareados CN-CNMJ en dos regiones geomorfológicas de Uruguay: Basalto y Cristalino. Con ese suelo se instaló un ensayo macetero usando cebolla como planta trampa modelo para estudiar el potencial de colonización por micorrizas y por septados oscuros. Además, se sembró aparte Lotus subbiflorus cv El Rincón en suelo proveniente de uno de los sitios de cada una de las regiones, con el objetivo de evaluar su capacidad de micorrización para ser utilizada en estudios posteriores. A los 46 días de germinadas se cosecharon y procesaron las raíces de las plantas de cebolla y de lotus para observar colonización por HMA y DSE. Al analizar todos los pares se observó una tendencia hacia una mayor micorrización total y presencia de vesículas de HMA en CN en relación al CNMJ. La colonización por DSE presentó diferencias entre tratamientos, con una mayor presencia en CNMJ. Considerando las regiones, en Basalto la presencia de HMA fue significativamente mayor, mientras que los DSE fueron significativamente mayores en Cristalino. No se observaron ovillos de HMA y la presencia de arbúsculos solo se constató en un sitio. Para el caso de lotus, se demostró su capacidad de ser colonizado por ambos tipos de hongos. De acuerdo al análisis de componentes principales, en este caso las diferencias entre regiones (asociadas principalmente a la variable edáfica BT y dentro de estas el Ca y el Mg) serían más importantes que el efecto del tratamiento para explicar los resultados. Los resultados de este estudio mostraron un comportamiento contrapuesto entre ambos grupos de hongos, con mayor potencial micorrícico en campo natural y mayor potencial de septados oscuros en los mejoramientos. Para apoyar estos resultados podrían explorarse otras regiones y tipos de suelo.