La producción ovina ha sido fundamental en el desarrollo socioeconómico de Uruguay. Los sistemas pecuarios han tendido a la intensificación y esto podría ocasionar nuevas problemáticas que debemos monitorear para mitigar sus eventuales efectos. Dentro de las especies pertenecientes a la microbiota intestinal que han cobrado importancia, se encuentran las de Campylobacter. Estas han sido identificadas como responsables de gastroenteritis en humanos, y también como importantes causantes de aborto en ovinos. A nivel de establecimientos, la proporción de animales que excretan estas bacterias varía ampliamente entre majadas, especies animales, estudios y sitios de muestreo. Es importante contar con métodos que rápidamente puedan identificar animales que posean altas cargas de estos agentes, para tomar medidas preventivas y de control, evitando consecuencias reproductivas y de salud pública. El objetivo principal fue describir la excreción de Campylobacter spp. en borregas y ovejas de cría de majadas de Uruguay a lo largo del ciclo reproductivo en el año 2020, y evaluar factores asociados definidos a priori para la excreción de Campylobacter spp. en cada tiempo de muestreo. A partir de un diseño longitudinal de 20 borregas y 19 ovejas en el predio 2a y 19 ovejas y 18 borregas en el predio 2b, se monitoreó la excreción fecal de Campylobacter spp. utilizando técnicas moleculares para detección de especies de Campylobacter y específicamente de Campylobacter jejuni. Se observaron diferencias en las proporciones de animales excretores de Campylobacter spp. a lo largo del tiempo según la categoría y el predio, sin encontrarse excretores de C. jejuni. Los factores principales para explicar la excreción considerados en este ensayo fueron la categoría (borrega/oveja) y los días de gestación en el muestreo T4. En el predio 2b, la proporción de ovejas excretando Campylobacter spp. fue máxima (0.80) próximo al parto, similarmente a lo que determinaron otros estudios. Por otra parte, la máxima excreción de Campylobacter spp. en las borregas y ovejas del predio 2a y borregas del predio 2b coincidieron con eventos puntuales: la esquila preparto y el cambio de plano nutricional. Se secuenciaron amplicones al azar y 11 muestras tuvieron alta identidad con C. lanienae, una especie comensal en animales y que recientemente se ha asociado a casos clínicos de gastroenteritis en humanos. No se identificaron especies con conocida patogenicidad para ovinos. Estos resultados indican que la proporción de ovinos que excretan C. lanienae es variable a lo largo del ciclo reproductivo. El monitoreo longitudinal empleando técnicas moleculares de detección, permite conocer los cambios que ocurren en la excreción del agente en los huéspedes, y podría ser de utilidad para monitorear la eliminación de Campylobacter spp. en majadas padeciendo pérdidas reproductivas para mejorar el entendimiento de la epidemiología y transmisión de Campylobacter spp., incluyendo aquellas responsables de campilobacteriosis ovina.