La intensificación y producción de commodities en Uruguay genera profundas transformaciones territoriales y conflictos en el uso de los recursos. Los productores ganaderos de Esteros de Farrapos enfrentan una amenaza sinérgica debido a un proceso de intensificación agraria (IA) y una mayor severidad de inundaciones. Estas amenazas impiden alternar el pastoreo de los animales entre el estero y las tierras altas. En base a una síntesis de varios trabajos, se analiza la transformación territorial en el período 1998-2011. Los resultados evidencian la homogeneización, compactación e intensificación de los usos del suelo y la fragmentación y dispersión de los fragmentos del pastizal. La intensificación se profundiza en una dinámica de: intensificación agraria, pérdida del ecosistema dominante, pérdida de ganadería de campo natural, avance de la ganadería sobre áreas frágiles y/o desaparición de productores, aumento de la intensificación. Esta situación puede pasar desapercibida, oculta tras la rentabilidad “aparente” de la soja (costos sociales y ambientales). La dificultad de acceso a tierras de pastoreo constituye un factor que, en forma “crónica”, excluye y desplaza a estos productores, expresándose como un conflicto “invisible” de la dinámica modernizadora del agro uruguayo. Desde la Agroecología se discute este proceso en forma crítica.