La presente tesis aborda el problema de alineación entre audio y partitura. Éste se define como la sincronización entre una computadora y la interpretación de una pieza musical de partitura conocida. En otras palabras, es la asociación entre dos tipos de datos : muestras de audio digital y notación simbólica de música. Es un tema de investigación que ha captado la atención durante más de 30 años de la comunidad científica en áreas como el Procesamiento de Audio, Machine Learning y Computer Music. Por otro lado, la flauta traversa es elegida por muchos compositores para la creación de música para medios mixtos (i.e. Música Electroacústica). Teniendo en cuenta que sistemas basados en algoritmos de alineación audio partitura tienen directa implicación en esta corriente musical, se define trabajar con señales de flauta traversa. Dando lugar a uno de los aportes de ésta tesis, la creación de una base de datos de flauta traversa para evaluación de algoritmos de alineación audio partitura. Compuesta de 30 fragmentos de grabaciones reales, con anotaciones manuales y sus respectivos archivos de notación simbólica, se hace pública para su uso con fines académicos. La última arista del trabajo aparece frente al repertorio contemporáneo de la flauta, donde las técnicas extendidas llevan el material sonoro del instrumento más allá de lo representable con alturas y duraciones (i.e. notas musicales). Con el objetivo de la alineación entre audio y partitura en el repertorio contemporáneo, se hace necesaria la exploración de representaciones matemáticas que sean capaces de extraer las características propias de la nueva sonoridad. Como aproximación al problema, se presenta un caso de estudio sobre Aliento/Arrugas, obra para flauta contemporánea del compositor argentino Marcelo Toledo.