Alcanzar una disminución del uso de agroquímicos y de los efectos negativos asociados a su uso continuado ha llevado a la búsqueda de soluciones tecnológicas novedosas, con menor impacto ambiental, que aseguren la sostenibilidad de la producción agropecuaria. En este camino, el uso de microorganismos en la agricultura se ha proyectado como un área de investigación y desarrollo que busca complementar las herramientas ya existentes para el manejo de ecosistemas productivos de forma sustentable. Hongos del género Trichoderma son reconocidos por tener múltiples interacciones positivas con los vegetales, incluyendo promoción del crecimiento, disponibilización de nutrientes del suelo y defensa contra patógenos. Una limitante para el desarrollo de cepas de interés en productos comercializables suele ser la dificultad técnica de obtener un producto formulado con capacidad de ser conservado y de fácil adopción y uso por los agricultores. Por lo tanto, el presente trabajo buscó seleccionar cepas de Trichoderma de interés por su acción como promotoras del crecimiento de trigo y arroz, con potencial para el control biológico de hongos patógenos de estos cultivos y adicionalmente, compatibles con una estrategia de formulación mediante microencapsulado y secado por spray drying. El encapsulado y secado implicó un último nivel de screening de las cepas en las que se evaluó la compatibilidad y sinergia con quitosano, disponible comercialmente, que fue incluido por su doble función de agente encapsulante y antimicrobiano. Una cepa de Trichoderma asperellum, originalmente aislada como endófita de plantas de arroz, fue seleccionada por su capacidad de promover la germinación, el desarrollo vegetal, el control biológico de hongos patógenos de estos cultivos y por su compatibilidad para ser formulado en conjunto con quitosano y otros coadyuvantes mediante spray drying. Finalmente, utilizando quitosano, PEG y maltodextrina como encapsulantes y protectores se obtuvo un formulado en polvo con sobrevivencia de esporas > a 80% y humedad cercana a 0,3 en valor de aw que demostró similar actividad benéfica sobre las plantas que la cepa sin formular.