El temperamento puede definirse como la variabilidad emocional entre animales de la misma especie en respuesta a un mismo estímulo. La reactividad emocional es una variable que se usa para observar el temperamento animal; acorde a esto, se pueden describir animales calmos, nerviosos o intermedios. La presencia de variantes genéticas en la secuencia de ADN en la vía de neurotransmisores y del eje de respuesta al estrés (eje hipotálamo-hipófisis-adrenal), puede afectar la respuesta comportamental y fisiológica de los ovinos. La hipótesis de este estudio es que existen polimorfismos genéticos de un solo nucleótido (SNP) vinculados al rasgo de temperamento en ovinos de la raza Merino Australiano. El objetivo principal fue identificar los SNP asociados al fenotipo de temperamento; el objetivo secundario identificar genes candidatos. La base de datos para desarrollar el ssGWAS consistió en utilizar cuatro generaciones de ovinos que incluyeron 4317 animales con fenotipo, 1697 genotipados y 10799 en genealogía. Luego del control de calidad, se retuvo un total de 38268 SNP efectivos. La heredabilidad estimada fue de 0,19 ± 0,038. El ssGWAS permitió identificar tres regiones genómicas que explicaron el mayor porcentaje de la varianza genética. Se identificaron 25 SNP asociados a nueve genes candidatos en los cromosomas 6, 10 y 21. Se destacan los genes PYMG (rs402505013, % var = 1,46) vinculado al metabolismo energético del glucógeno; gen CAPN1 (rs413708295, % var = 1,16; rs421553713, % var = 1,09; rs161627624, % var = 0,85; rs404318469, % var = 0,58) asociado a la terneza de la carne; gen GRID2 (rs422603241, % var = 0,76; rs399480023, % var = 0,52) receptor de glutamato, relacionado a procesos biológicos de la transmisión sináptica y gen SYT7 (rs421709693, % var = 0,54), asociado al metabolismo del calcio. Los SNP detectados podrían ser usados como marcadores moleculares para futuros estudios asociados al temperamento o a rasgos de comportamiento asociados al estrés.