La familia Orthoherpesviridae es conocida por producir infecciones latentes que pueden reactivarse periódicamente y afectar tanto a la salud humana como animal. Los murciélagos son un grupo de mamíferos que tienen una gran diversidad y un importante papel ecológico, desde la polinización hasta la dispersión de semillas, por lo que resulta interesante estudiar virus asociados a ellos. Recientemente, se describió la presencia de herpesvirus en murciélagos de Uruguay. El objetivo general de este trabajo fue detectar y caracterizar genéticamente herpesvirus en murciélagos del Uruguay a fin de ampliar el conocimiento de su distribución geográfica y la diversidad de especies infectadas. Para ello, se analizaron muestras de hisopados bucales de murciélagos provenientes de diferentes localidades del Uruguay. Se realizó una extracción de ácidos nucleicos totales y se amplifico una región parcial del gen que codifica para la ADN polimerasa viral y de la glicoproteína de superficie gB. Los resultados mostraron una alta prevalencia de herpesvirus, con un total de 139 muestras positivas en 215 analizadas (65%). Se detectó infección en individuos de 11 especies diferentes. El 57% de los herpesvirus detectados pertenecieron a la subfamilia Gammaherpesvirinae y el 43% a Betaherpesvirinae. No se encontraron individuos infectados con subfamilia Alphaherpesvirinae. En general, la relación filogenética hallada en los virus analizados sugiere dos procesos concomitantes para explicar la similitud entre secuencias virales: la cercanía filogenética y similitud ecológica entre los hospedadores. Por otro lado, las muestras de Desmodus rotundus se agruparon únicamente en la subfamilia Gammaherpesvirinae, formando dos clados e indicando mayor diversidad viral respecto a trabajos previos, en función del aumento en el número de muestras. A partir del análisis de la glicoproteína de superficie gB en un subconjunto de muestras, se ha observado que este marcador resulta más informativo o al menos más variable en los insectívoros. En conclusión, se reportó una amplia distribución geográfica y diversidad de murciélagos del Uruguay con una alta prevalencia de herpesvirus.