Los murciélagos son el segundo orden más diverso de mamíferos y brindan una amplia gama de servicios ecosistémicos, desde el control de plagas hasta la dispersión de semillas. Presentan algunas características biológicas peculiares que los hacen proclives a albergar una gran diversidad de virus con poco o ningún efecto en su salud. Se han descrito al menos 24 familias virales que infectan familias de murciélagos. El objetivo de este trabajo fue la primera detección molecular y caracterización genética de Herpesvirus (familia: Herpesviridae) de diferentes especies de murciélagos de Uruguay. A partir de hisopados bucales de murciélagos provenientes de diferentes localidades, se realizó extracción de ácidos nucleicos totales, amplificación genómica por PCR anidada de una región conservada de la ADN polimerasa, secuenciación y análisis filogenéticos. El 66% de los individuos analizados resultaron positivos. El 43% pertenecieron a la subfamilia Gammaherpesvirinae y el 57% a Betaherpesvirinae. Se identificaron diferentes clados independientes dentro de cada subfamilia sugiriendo distintas variantes de Herpesvirus con divergencia variable (entre 70 y 80%) respecto a otros previamente descriptos. Las muestras del murciélago vampiro común (Desmodus rotundus) se agruparon en un clado separado en la subfamilia Gammaherpesvirinae, lo cual sugiere la circulación independiente de herpesvirus en murciélagos hematófagos e insectívoros. A partir de estos resultados destacamos la idoneidad de estos virus para rastrear la estructura de la población de murciélagos vampiros para ser aplicados a estudios de circulación de virus rábico, y para analizar la dinámica de la población de sus huéspedes, incluidos el movimiento y la demografía.