La innovación es un fenómeno clave para el desempeño económico y la supervivencia de las firmas. Sin embargo, una fracción significativa de empresas no realiza actividades de innovación ni concreta ventas innovadoras. El diseño de políticas públicas exitosas depende de la adecuada comprensión de los obstáculos a la innovación y de la forma en que se relacionan entre sí. La literatura empírica sobre el tema es escasa y los resultados encontrados varían según el contexto. Esta investigación busca contribuir a acortar la brecha de conocimiento y a generar insumos específicos para el diseño de políticas de innovación en Uruguay, tomando recaudos respecto a la validez de los resultados y haciendo una interpretación conceptual de los mismos. Se aplicó el enfoque directo de estimación de complementariedad, a partir de los abordajes de Mohnen y Röller (2005) y Ballot et al. (2015), a datos provenientes de la Encuesta de Actividades de Innovación de Uruguay para el período 2006-2015. La evidencia señala que los obstáculos financieros y la escasez de personal capacitado se comportan como sustitutos, mientras que este último y las dificultades para cooperar serían complementarios, tanto en el esfuerzo como en el resultado innovador. Por lo tanto, sería recomendable aplicar paquetes de instrumentos en el primer caso e instrumentos focalizados en el segundo.