La hepatozoonosis es una parasitosis causada por protozoarios apicomplexos del género Hepatozoon. Unas 50 especies han sido reportadas parasitando mamíferos domésticos y salvajes, siendo Hepatozoon canis y Hepatozoon americanum las especies más diagnosticadas en cánidos domésticos y silvestres en América. Como antecedentes, en cánidos en Uruguay, se ha reportado la presencia de Hepatozoon canis en perros, y Hepatozoon sp. en Cerdocyon thous (zorro de monte). El objetivo de este estudio fue determinar la presencia de Hepatozoon spp. en cánidos silvestres del norte de Uruguay, mediante diagnóstico molecular a través de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y secuenciación, y compararlo mediante análisis filogenéticos con especies reportadas para la región. Para ello se obtuvieron, a partir de ejemplares atropellados en rutas del norte del país, muestras de sangre y bazo de 41 zorros: 23 de C. thous y 18 de Lycalopex gymnocercus (zorro de campo). El ADN de las muestras fue extraído mediante un kit comercial. El diagnóstico molecular se realizó por PCR usando dos sets de cebadores que amplifican dos regiones solapantes del gen 18S rARN de Hepatozoon spp. Como resultados, seis de las 41 muestras procesadas (prevalencia: 14,6%) confirmaron la presencia de ADN de Hepatozoon sp., de las cuales, cuatro correspondieron a C. thous y dos a L. gymnocercus. En base a las secuencias obtenidas, la especie de Hepatozoon caracterizada para ambas especies de zorros de Uruguay correspondió a Hepatozoon americanum. El análisis filogenético demostró que las secuencias de Hepatozoon obtenidas, forman un clado con un alto soporte (Bootstrap de 100) con secuencias de H. americanum de Amblyomma maculatum de Estados Unidos, Hepatozoon sp. Curupira 2 y Hepatozoon sp. F3, secuencias obtenidas de C. thous de Brasil, , H. americanum aislado Belem 03, obtenida de un perro de Brasil, y Hepatozoon sp. aislado ZG7 de Lycalopex griseus de Argentina. Hepatozoon americanum es el agente de la Hepatozoonosis Canina Americana en perros de Estados Unidos, parasitosis de la cual aún no se han reportado casos clínicos en Sudamérica. De nuestro conocimiento, este es el primer registro de H. americanum para Uruguay y el primer reporte en L. gymnocercus.