El virus del Distemper Canino (CDV) provoca una enfermedad infecciosa de alta mortalidad conocida como Distemper o moquillo canino, que afecta a los caninos domésticos como a diversas especies de fauna silvestre. Esta enfermedad se manifiesta con signos clínicos relacionados con daños en el aparato respiratorio, digestivo, tegumentario y/o en el sistema nervioso central (SNC). La afectación del SNC genera una patología severa, caracterizada por desmielinización, cuya evolución puede conducir a la muerte de un elevado porcentaje de los pacientes. La cuantificación de partículas virales es fundamental en la investigación, el desarrollo de vacunas, la terapéutica y otras aplicaciones biotecnológicas. En este contexto, la droplet digital PCR (ddPCR) representa una tecnología innovadora que permite una cuantificación absoluta con alta sensibilidad y precisión, aunque su uso sigue siendo limitado en los laboratorios de diagnóstico veterinario. El objetivo de este estudio fue cuantificar la carga viral en el cerebelo de caninos infectados de manera natural, utilizando ddPCR, y correlacionar estos resultados con las lesiones microscópicas observadas. Para esto se partió de 20 casos de infección natural producida por el CDV, y luego de la eutanasia o muerte espontánea de los pacientes, se procedió a su autopsia completa, toma de muestras para histopatología en formol tamponado (pH = 7,4) al 10%, en las que posteriormente se realizó el estudio histopatológico, muestreando simultáneamente para realizar el diagnóstico molecular por PCR. En el estudio histopatológico del SNC, se encontraron las típicas lesiones de la infección por CDV, siendo la zona con lesiones más severas el cerebelo y el tronco encefálico. En esta región, además de la H&E, se realizó La técnica de histoquímica (Luxol fast blue). Las PCR y la PCR digital en gota se hicieron a partir de las muestras contralaterales congeladas a -80ºC. Sobre la base de las lesiones se estableció la clasificación por curso: agudo, subagudo 1, 2, 3 y crónico. Los resultados revelaron que el 65% de los casos presentaron lesiones subagudas caracterizadas por desmielinización multifocal y manguitos perivasculares. La cuantificación mediante ddPCR permitió determinar con alta precisión la carga viral en el cerebelo, demostrando que el cerebelo presenta altas carga viral. Además se observó una correlación positiva y moderada entre la carga viral y la escala de daño histopatológico, evidenciando que un incremento en la carga viral se asocia de manera significativa (p = 0.02966) con un mayor grado de lesión en el cerebelo, clasificado como daño crónico. El desarrollo de este estudio remarca la utilidad de la ddPCR como herramienta innovadora para el diagnóstico y cuantificación del CDV, y reafirma la importancia del cerebelo como sitio clave en la patogénesis del virus. Los hallazgos subrayan la necesidad de fortalecer las estrategias de vacunación para prevenir esta enfermedad en la población canina.