Describir la calidad metodológica de los ensayos clínicos de periodoncia en revistas indexadas en el Institute for Scientific Information. Material y métodos: Estudio observacional descriptivo en el que se evaluaron los ensayos clínicos publicados entre Enero de 2008 y Diciembre de 2012, de las cuatro revistas de periodoncia indexadas a ISI, con mayor factor de impacto en los últimos 5 años según Journal Citation Reports. Se realizó una estrategia de búsqueda en Pub- Med para cada revista. Sólo los ensayos clínicos fueron seleccionados para el análisis cualitativo por medio de una escala de calidad metodológica. Los datos fueron analizados utilizando el paquete estadístico SPSS Statistics 20 para Windows (IBM., Chicago, USA.) y presentados mediante estadística descriptiva. Resultados: De las revistas que cumplieron los criterios de selección, Journal of Clinical periodontology, Journal of Periodontology, Journal of Periodontal Research e International Journal of Periodontics & Restorative Dentistry, se analizaron 387 ensayos clínicos. De los 24 puntos máximos obtenibles de la escala, la media alcanzada por los manuscritos evaluados fue de 17,45 puntos. Conclusión: La calidad metódológica de los ensayos clínicos en periodoncia, indexados en revistas ISI fue deficiente