El descarte prematuro de vacas lecheras representa incremento de costos y afecta el tamaño del rodeo. El descarte para faena identifica los problemas de salud del rodeo o mejora la productividad mediante la sustitución de las vacas descartadas por vacas más rentables. Así, se hace necesario conocer las tasas de descarte de las vacas lecheras e identificar sus causas. Esta información permitiría a los productores lecheros implementar programas para reducir las pérdidas económicas e incrementar el tamaño o la longevidad del rodeo. Los objetivos de este estudio fueron estimar las tasas de descarte de vacas en rodeos lecheros de Uruguay e identificar sus causas. Se calcularon las frecuencias de descarte de vacas lecheras para faena y por mortalidad según la paridad, la etapa de lactancia y la estación del año. También se analizaron los datos productivos y reproductivos de las vacas descartadas y se identificaron por primera vez en vacas lecheras del país dos enfermedades que causan mortalidad y contribuyen a las tasas de descarte actuales de las vacas lecheras en Uruguay, la hipomagnesemia y la astrovirosis neurotrópica. Se desarrolló un estudio observacional longitudinal prospectivo entre junio de 2019 y mayo de 2020, en 12 tambos localizados en los departamentos de Colonia y San José. La población en los tambos varió entre 74 y 740 vacas masa (VM) a nivel de rodeo, con población promedio de 3126 VM. Los datos fueron analizados mediante estadística descriptiva. La tasa total de descarte de vacas lecheras fue del 23,1% (n = 721). El descarte de vacas para faena fue del 18,1% (n = 565), la mortalidad fue del 4,5% (n = 141) y la venta como animales de ordeño para otras lecherías fue del 0,5% (n = 15). El descarte de vacas lecheras para faena por problemas reproductivos fue de 29,3% (n = 211), por mastitis de 25,9% (n = 187), por mala conformación de la ubre de 6,2% (n = 45), por cojeras de 4,6% (n = 33) y por otras enfermedades de 4,7% (n = 34). El descarte de vacas para faena por problemas reproductivos, problemas de la ubre, cojeras y otras enfermedades fue del 90,3% (n = 510), que considerando la mortalidad sumó el 92,2% (n = 651) del descarte total de vacas. La mortalidad de vacas correspondió a 19,6% (n = 141) del descarte total. El descarte de vacas para faena se asoció significativamente con la paridad (p < 0,05). La frecuencia de descarte de vacas para faena fue mayor en vacas de más de 3 partos (34,9%, n = 197) seguidas de vacas de primer parto (25,3%, n = 143). La frecuencia de descarte de vacas para faena fue mayor en vacas en lactancia tardía (46%, n = 260) seguida por vacas en lactancia temprana (26,7%, n = 151) (p < 0,05). La mayor frecuencia de mortalidad ocurrió en vacas de más de 3 partos (48,9%, n = 69) y en lactancia temprana (54,6%, n = 77) (p < 0,05). Los parámetros productivos y reproductivos promedio de las vacas faenadas o muertas en el rodeo (conjunto) fueron: vida en el rodeo (VR): 66,3 meses; vida productiva (VP): 38,1 meses; número de partos: 3; producción de leche en la vida productiva (PVP): 22842 L en 967 días en leche (DEL); producción diaria durante la vida productiva (PDVP): 22,6 L; y producción diaria durante la vida en el rodeo (PDVR): 10,1 L. Se diagnosticó un brote de hipomagnesemia que afectó un rodeo de 270 vacas. La mortalidad fue de 3,3% en 59 días y la enfermedad afectó vacas entre 1 y 9 años de edad que estaban en lactancia temprana y media. La enfermedad fue controlada mediante la formulación de una dieta adecuada con suplementación correcta de magnesio (Mg). Un caso de astrovirosis neurotrópica fue diagnosticado en una vaca Jersey de primer parto en lactancia temprana con sintomatología nerviosa y desenlace fatal. El diagnóstico de esta enfermedad es importante porque cursa con signos clínicos similares a otras enfermedades del sistema nervioso, tales como la rabia y la listeriosis, que son de importancia en salud pública. La hipomagnesemia y la astrovirosis neurotrópica son dos causas de mortalidad no descritas hasta ahora en vacas lecheras en Uruguay. En conclusión, las tasas de descarte de vacas lecheras de Uruguay son similares o inferiores a las observadas en países con vacas en confinamiento y sistemas lecheros alimentados con ración, pero mayores que las tasas observadas en países con sistemas lecheros basados en forrajes. Se hace necesario implementar estrategias apropiadas de control y prevención de mastitis, problemas reproductivos, otras enfermedades, y así como para disminuir la mortalidad para reducir el descarte prematuro de vacas.