Las enfermedades virales emergentes de origen zoonótico representan un desafío creciente para la salud pública, generando la necesidad desarrollar modelos biológicos invivo bien caracterizados para estudiar los mecanismos de infección, patogénesis y transmisión viral y estrategias terapéuticas. El objetivo de esta tesis fue establecer y caracterizar dos modelos virales: virus de la hepatitis murina (MHV) y virus Mayaro (MAYV), integrando aproximaciones virológicas, fisiopatológicas, hematológicas, de transcriptómica y de imagenología. En el modelo de infección por MHV (subrogante de SARS-CoV-2) se evaluaron estrategias de reposicionamiento farmacológico. La Ivermectina redujo la carga viral hepática y mejoró el estado de salud de los animales infectados, sin evidenciar una modulación global de la respuesta inmune. En contraste, la Hemina favoreció la infección por el coronavirus murino, incrementando la diseminación sistémica y la carga viral en tejidos y sangre, aportando evidencia sobre el rol del eje hemo–virus en la patogénesis viral. Por su parte, el tratamiento combinado con Hemina y Cloroquina atenuó parcialmente la pérdida de peso y la patología orgánica, redujo las alteraciones histológicas en hígado, pulmón y bazo y disminuyó la carga viral sistémica. Además, contribuyó a normalizar las alteraciones hematológicas inducidas por MHV y el título viral en sangre, lo que sugiere que la cloroquina puede mitigar los efectos proinfectivos de la hemina y limitar la diseminación viral. Este modelo permitió además evaluar otros fármacos en estudios colaborativos, como Tocilizumab y los inhibidores VPC285786 y VPC285785, destacándose este último como un potencial antiviral oral frente a SARS-CoV-2. Por otra parte, se estableció un modelo murino de infección por MAYV donde se observó diseminación sistémica temprana con compromiso de tejidos somáticos, musculoesqueléticos y reproductivos, acompañada de alteraciones hematológicas compatibles con una respuesta sistémica a la infección viral. En el contexto de la preñez, los resultados que el estadio gestacional condiciona la permisividad placentaria y la exposición fetal al virus. Asimismo, la detección de virus infectivo en tejidos reproductivos y esperma aportó evidencia compatible con una potencial transmisión sexual, aunque con baja eficiencia. El uso de imagenología in vivo permitió un seguimiento longitudinal de la infección, confirmando la diseminación temprana y la persistencia viral en tejidos musculoesqueléticos. En conjunto, esta tesis refuerza la relevancia de los modelos murinos como plataformas experimentales robustas para la investigación preclínica en virología y para la generación de conocimiento con proyección traslacional en el estudio de virus emergentes de impacto en salud pública.