La producción lechera ha presentado un importante grado de intensificación en los últimos veinte años. Esto determina el aumento de las cantidades de efluentes generados en las áreas de ordeñe. La gestión de estos efluentes implica un desafío desde el punto de vista del riesgo sanitario ya que estos pueden contener diversos microorganismos patógenos, por lo que se deben generar mecanismos de monitoreo para prevenir posibles impactos en la salud pública y animal. El aislamiento de microorganismos indicadores de patógenos en los sistemas de tratamiento de efluentes es un mecanismo apropiado para tal fin. Este trabajo se realizó en el sistema de tratamiento de efluentes del tambo de INIA “La Estanzuela” en el invierno del año 2010. Este sistema consta de un estercolero (decantador de sólidos) y una laguna anaeróbica. Los microorganismos indicadores utilizados fueron Enterobacterias, Coliformes totales y fecales. Se comprobó que el sistema estudiado no fue eficiente en la remoción de microorganismos indicadores (90%). Los parámetros obtenidos de remoción no permiten el vertido a cursos de agua, para lo que se brindan algunas pautas generales para su reutilización en agricultura.