Estudios recientes muestran que Metarhizium spp., un hongo entomopatógeno, se asocia con gran variedad de plantas, aportándoles beneficios más allá del control de insectos. Su capacidad como biocontrolador de enfermedades fúngicas es un campo reciente y el presente trabajo contribuye a su estudio. En este contexto, se caracterizaron 13 cepas de Metarhizium spp. con el objetivo de desarrollar un bioinsumo agrícola para el control de enfermedades de implantación en Glycine max. Para ello se evaluó su capacidad de antagonizar in vitro a fitopatógenos fúngicos, así como su eficacia para controlarlos y mitigar su impacto sobre la emergencia de la soja. Además, se estudió su capacidad de asociarse con las raíces, su compatibilidad con Bradyrhizobium elkanii y su no interferencia en el proceso de nodulación de la raíz de soja. Con respecto a la compatibilidad, los experimentos de inoculación de semillas con Metarhizium spp. y rizobios, verificaron que las cepas evaluadas no inhibieron la nodulación mediada por B. elkanii. Además, los estudios de crecimiento de Metarhizium spp. en exudados de raíz de soja (G. max N5909), revelaron que las cepas aprovecharon eficazmente los nutrientes de los exudados, destacándose Metarhizium robertsii ILB167 y Metarhizium flavoviride ILB184. Aunque M. robertsii mostró tener capacidad de asociación con las raíces de soja, no se evidenció endofitismo en las plantas cosechadas a los 39 días tras la siembra de semillas inoculadas. En cultivos duales M. robertsii ILB167 e ILB440 fueron las únicas cepas capaces de antagonizar a los cuatro fitopatógenos probados, inhibiendo el crecimiento de Fusarium graminearum ILB332 en un 36 %, Pythium ultimum ILB317 en un 53 %, Pythium sylvaticum ILB323 en un 45 % y Rhizoctonia oryzae ILB428 en un 27 %. De manera adicional, el recubrimiento de semillas de soja con un biopolímero a base de M. robertsii ILB440, permitió un control de F. graminearum ILB332, evidenciado por una emergencia de las plántulas de soja del 53 %, que fue significativamente superior al 21 % del control sin recubrimiento con Metarhizium. Un resultado similar se obtuvo frente a R. oryzae ILB428, donde el recubrimiento de semillas con M. robertsii ILB440 logró una emergencia del 55 % frente al 28 % del control. No se observaron mejoras significativas en emergencia de soja inoculada con M. robertsii, frente a P. ultimum ni P. sylvaticum. En síntesis M. robertsii ILB440 demostró tener potencial para el desarrollo de un bioisumo agrícola con capacidad de biocontrolar enfermedades de implantación provocadas por F. graminearum y R. oryzae.