El arroz es uno de los principales rubros exportadores en Uruguay, con una valoración por la calidad e inocuidad del producto. Los cultivos permanecen bajo inundación en gran parte de su período de desarrollo, por lo que se pueden considerar ecosistemas acuáticos estacionales. El sistema de producción se realiza en rotación con pasturas y cultivos alternativos, integrado con la producción ganadera, y tiene el desafío de desarrollar indicadores que permitan cuantificar la sustentabilidad productiva, económica y ambiental. Si bien la actividad agrícola se asocia con zonas pobres en diversidad, hay ciertos agro-ecosistemas como el arrocero que sustentan altos niveles de biodiversidad. La compleja comunidad de seres vivos presentes cumple un rol que generalmente no es evidenciado hasta que su estructura resulta afectada. La información sobre la biodiversidad en el agro-ecosistema arrocero en Uruguay es incompleta. El objetivo general de este trabajo fue caracterizar la diversidad de insectos y arañas en el cultivo de arroz y áreas naturales próximas, en el sistema de rotación con pasturas. Se destaca el registro de nuevos reportes de especies de insectos y arañas para el país, y quedan especies aún para reportar. El muestreo exploratorio mostró mayor abundancia y riqueza de insectos en los parches de vegetación nativa (bosque ribereño), en comparación con el cultivo de arroz, revelando la importancia de estas áreas como reservorios de especies. Se registraron más morfoespecies en las pasturas que en los cultivos de arroz, en los muestreos con trampas de caída. En el estudio de la composición de especies de arañas entre los ambientes pastura, parche de vegetación nativa y arroz al macollaje, la mayor abundancia de especies exclusivas se registró en la pastura. Por otra parte, en el muestreo de artrópodos acuáticos, se registraron valores de riqueza mayores a los registrados en cultivos de producción orgánica de arroz en Costa Rica, Italia y Australia. La riqueza y la diversidad de especies de artrópodos observadas en este trabajo, podrían posicionar al cultivo de arroz como un sistema de producción con potencial de aportar a la conservación de estos grupos, y producir en forma sustentable, a través de la definición de medidas de manejo que permitan conservar la biodiversidad observada.