La “mosca doméstica” (Musca domestica) y la “mosca de los establos” (Stomoxys calcitrans) son dípteros de gran importancia en sistemas pecuarios donde hay gran concentración de materia orgánica, ya sea por su papel perturbador sobre los animales asì como por la transmisión de patógenos. En particular, la mosca doméstica tiene gran impacto en la salud pública. La “mosca de los establos”, por su picadura dolorosa y hematofagia, produce gran estrés en los animales, llevando a una disminución de la producción. En el caso de animales silvestres el estrés es notorio, afectando su bienestar. En el Zoológico Parque Lecocq, área protegida, la alta concentración de animales en espacios reducidos produce una alta producción de materia orgánica que constituyen sitios de cría para estas moscas. Especies en peligro crítico de extinción como los antílopes Addax (Addax nasomaculatus) que allí se encuentran deben ser particularmente protegidos de estos dípteros. A nivel productivo, también hay una alta producción de materia orgánica en los tambos, cuyo manejo siempre constituye un problema, lo que conlleva a altas poblaciones de moscas. Para poder instaurar un control eficiente de estas plagas es necesario obtener datos básicos de sus comportamientos en sistemas de producción y sitios de cría de animales. El objetivo del presente trabajo fue conocer la dinámica poblacional de M. domestica y de S. calcitrans en dos ambientes en la zona sur de Uruguay. Durante 23 meses, se realizaron capturas de adultos en diferentes lugares, mediante el uso de trampas de emergencia para determinar sitios de cría y trampas para captura en vuelo, en el Parque Lecocq (Montevideo) y un tambo en el departamento de Colonia. Ambas moscas estuvieron presentes todo el año pero con una dinámica diferente. En general, el período de mayor abundancia se extiende desde fines de primavera hasta inicio de otoño. La época de mayor abundancia de M. domestica se dió en otoño y puede extenderse desde verano a inicio de invierno. Los picos de mayor magnitud de S. calcitrans se presentaron entre fines de primavera e inicio de verano, y otro de menor magnitud a fines de verano e inicio de otoño. No se evidenció correlación de la población de moscas con las temperaturas media, mínima, máxima, la humedad relativa y las precipitaciones acumuladas. En el Parque Lecocq, se observó una mayor diversidad de dípteros pertenecientes a las familias Muscidae, Sarcophagidae, Calliphoridae, Tabanidae y Drosophilidae, allí Stomoxys calcitrans tuvo una prevalencia mayor que M. domestica, contrariamente a lo observado en el tambo, donde M. domestica constituye la mayor problemática. Stomoxys calcitrans ocasiona gran malestar en antílopes Addax con cargas bajas (2 moscas por animal) y presenta preferencia por miembros torácicos y cabeza. Como medida de control en el Parque Lecocq se recomienda un manejo más riguroso de los sitios de cría estudiados, principalmente en primavera y verano. En el tambo se recomienda mayor higiene en áreas como comederos, playa de alimentación y guachera, especialmente en verano y otoño, asociada con el uso de trampas Nzi, de melaza o modelos comerciales. Se realizó el primer diagnóstico de ejemplares adultos de Philornis sp., agente causal de miasis en aves, en un área protegida en Uruguay.