Los alfavirus (Togaviridae) son arbovirus responsables de muchas enfermedades emergentes, su ciclo natural involucra la transmisión biológica entre vectores artrópodos y hospedadores vertebrados. En Uruguay se ha detectado circulación de alfavirus desde 1970, informándose la presencia del virus de los complejos de la encefalitis equina del este (EEEV), encefalitis equina venezolana (VEEV) y virus de la encefalitis equina occidental (WEEV). Estudios genómicos en mosquitos y de serología en caballos muestran que el virus Río Negro (RNV, complejo VEEV) es el más extendido en el país. Los murciélagos son el segundo orden más diverso de mamíferos y son capaces de albergar una gran variedad de virus, sin embargo hay pocos datos sobre su posible rol en el ciclo viral de los arbovirus. Considerando la importancia de identificar posibles reservorios de virus zoonóticos y los antecedentes de circulación de alfavirus en Uruguay, el objetivo de este estudio fue realizar una primera búsqueda y caracterización molecular a partir de 71 hisopados bucales de murciélagos provenientes de diferentes localidades del país. Se realizó extracción de ácidos nucleicos totales, amplificación genómica por RT-PCR anidada de una región conservada de nsP4, secuenciación y análisis filogenético. Detectamos por primera vez en murciélagos insectívoros de Uruguay: RNV, en dos especies Tadarida brasiliensis (n=6) y Myotis sp. (n=1) y EEEV en Myotis sp. (n=2). En los estudios filogenéticos, las secuencias obtenidas se agruparon con dos secuencias previas obtenidas de mosquitos de Uruguay con buen soporte estadístico en los respectivos grupos antigénicos. Además de la presencia viral, se deben considerar otros factores para dilucidar si los murciélagos juegan un rol como posibles reservorios en los ciclos enzoóticos y epizoóticos de los alfavirus. Este hallazgo es de interés, ya que estos mamíferos podrían participar en los ciclos naturales, actuando como hospedadores amplificadores o finales.