Introducción: en enero de 2005, en el Hospital Pediátrico del Centro Hospitalario Pereira Rossell se implementó un protocolo de instilación de estreptoquinasa (STK) intrapleural como alternativa al tratamiento quirúrgico del empiema complicado. La STK intrapleural administrada en los primeros ocho días de colocado el drenaje disminuyó la duración del drenaje de tórax, la necesidad de toracotomía y la estadía hospitalaria. En 2007, se modificó el protocolo inicial. Para el diagnóstico de empiema complicado se comenzaron a utilizar los hallazgos en la ecografía de tórax o en el acto operatorio y la instilación de STK se comenzó a indicar 12 a 36 horas luego del drenaje torácico. Objetivo: describir los resultados de la instilación intrapleural precoz de STK en niños hospitalizados con empiema paraneumónico complicado, y compararlos con los resultados obtenidos tras la instilación en los primeros ocho días de colocado el drenaje de tórax. Material y método: se incluyeron los niños con empiema paraneumónico complicado hospitalizados entre el 1º de abril de 2005 y el 30 de setiembre de 2007. Se dividieron en dos cohortes. Histórica: niños hospitalizados entre el 1º de abril de 2005 y el 1º de agosto de 2006, en los que el diagnóstico de empiema complicado se hizo según criterios clínicos y ecográficos, que recibieron STK intrapleural en los primeros ocho días luego de colocado el drenaje de tórax. Prospectiva: niños hospitalizados entre el 1º de marzo y el 30 de setiembre de 2007 diagnosticados y tratados según el nuevo protocolo. Se comparó la evolución mediante las siguientes variables: duración del drenaje de tórax, complicaciones, necesidad de toracotomía, estadía hospitalaria y muerte. Resultados: ambos grupos fueron comparables. La duración de la estadía hospitalaria y del drenaje de tórax fueron menores en los niños tratados con STK intrapleural en forma precoz (p<0,05). Requirieron toracotomía dos niños, uno en cada cohorte. El número y tipo de complicaciones fue similar en ambos grupos. Ninguno de los pacientes incluidos en el estudio falleció. Conclusiones: la instilación intrapleural precoz de STK constituye una alternativa terapéutica para el tratamiento de niños con empiema paraneumónico complicado.