La elaboración de quesos artesanales en nuestro país comienza a fines del Siglo XIX con la llegada de los inmigrantes europeos, principalmente suizos. Actualmente existen casi 1000 establecimientos dedicados a la quesería artesanal en todo el país, y el 80 % de ellos se ubican en los departamentos de Colonia y San José. Se entiende por queso artesanal, a aquel elaborado en condiciones artesanales, en forma individual, familiar o asociativa, también se lo define como el queso elaborado con leche cruda, pasterizada o termizada, producida exclusivamente en el predio. La importancia de la limpieza y desinfección en las queserías artesanales se destaca para prevenir las contaminaciones de los alimentos por las superficies que contactan directa e indirectamente con los mismos. El objetivo de este estudio fue evaluar la limpieza y desinfección realizada en cuatro queserías artesanales distribuidas en Colonia, San José y Soriano. A su vez, se realizó una caracterización de las instalaciones, infraestructura y actividades de limpieza y desinfección de cada quesería en estudio. Se realizaron dos visitas por establecimiento, observando el funcionamiento general del mismo. Se obtuvieron muestras ambientales en cada visita, antes y después de la realización del proceso de rutina de limpieza y desinfección. El muestreo mediante hisopo se efectuó sobre superficies en contacto directo (mesada y moldes/utensilios) e indirecto (pared y piso) con el alimento. Las muestras fueron analizadas en el laboratorio de la Unidad Académica Ciencia y Tecnología de la Leche de Facultad de Veterinaria, UdelaR. Los análisis microbiológicos que se realizaron fueron para indicadores de higiene, recuento de Mesófilos Aerobios Totales (MAT) y recuento de Coliformes Totales (CT). Para determinar el límite aceptable de los resultados microbiológicos, se compararon los mismos con los establecidos en el American Public Health Association (APHA) (2001) y la Resolución Ministerial N°461-2007/MINISA de Perú (Perú, 2007). Los resultados obtenidos demuestran que luego de la primera visita, los cambios realizados en la rutina de limpieza y desinfección en general, ayudan a reducir la carga microbiológica hasta niveles aceptables. Por otra parte, las instalaciones e infraestructura de las queserías, en algunos casos, presentan ciertas carencias en el mantenimiento y por lo tanto, no cumplen con la reglamentación nacional vigente, lo que impide lograr la eficacia de los procedimientos de limpieza y desinfección. Además, para contribuir a transmitir la importancia de los procedimientos de limpieza y desinfección en las queserías, así como también, capacitar a los productores, se redactó una guía general e instructivos de limpieza y desinfección en queserías artesanales.