El avance rápido de generaciones (ARG) combinado con el cultivo in vitro de embriones (CE) inmaduros y el método de descendencia de semilla única (DSU o “Single-Seed-Descent”, SSD) o “ARG+CE+DSU” son herramientas tecnológicas que permiten reducir significativamente el plazo de obtención de un nuevo cultivar de trigo avanzando cinco generaciones de autofecundación en un año. A su vez, con las técnicas de androgénesis in vitro (AIV) como cultivo de anteras (CA) y cultivo de microsporas aisladas (CMA) se obtienen líneas dobles haploides (DHs) 100% homocigotas en menos de un año. Se planteó la hipótesis de que las poblaciones DHs y F6 presentarían diferencias en su estructura genética. El objetivo fue desarrollar cuatro poblaciones de líneas altamente endocriadas (LAEs), obtenidas por ARG+CE+DSU y por AIV correspondiente a dos genotipos distintos, y caracterizarlas utilizando marcadores moleculares del tipo de los polimorfismos de un sólo nucleótido (“Single-Nucleotide-Polymorphisms”, o SNPs) detectados a través de la técnica genotipado por secuenciación (GBS). Los materiales de estudio consistieron en dos poblaciones de la cruza INIA466: 91 líneas DHs y 55 líneas F6; y dos poblaciones de la cruza INIA553: 92 DHs y 47 F6 (compartiendo un padre en común). El número de SNPs de las cuatro poblaciones fue similar, pero el número de BIN-SNPs (marcadores informativos, no-redundantes) fue dos veces mayor para las poblaciones F6 en relación con las poblaciones de DHs. Se realizó el mapa genético para cada población obteniendo similar tamaño del genoma (2800 cM) con una mayor cobertura en las poblaciones F6. Asimismo, se detectó mayor nivel de heterocigosis residual (HR) y mayor número de loci en distorsión de segregación en poblaciones F6 que en las DHs (p<0,05). El método de ARG+CE+DSU se presentó más apropiado que el de AIV para su aplicación en programas de mejoramiento de trigo.