En este trabajo, se evaluó el efecto de la aplicación de un Biofertilizante derivado de Estiércol Tratado Aeróbicamente (BETA) sobre las propiedades físicas, químicas y biológicas del suelo. El objetivo fue determinar los cambios inducidos por el manejo del suelo con la aplicación de BETA y evaluar así, potenciales indicadores microbiológicos para detectar cambios en el mediano plazo. El área de estudio fue en Colonia, Uruguay (lat. 34,338164 S, long. 57,222630 W). Los materiales y métodos consistieron en el análisis de propiedades fisicoquímicas del suelo y 16 variables microbiológicas que fueron: carbono de biomasa microbiana, bacterias aeróbicas mesófilas, actinobacterias, hongos filamentosos, hidrolasas, deshidrogenasa, fosfatasa ácida y alcalina, degradadores de celulosa, bacterias solubilizadoras de fósforo, microorganismos nitrificantes, desnitrificantes y fijadores de nitrógeno de vida libre (diazótrofos), glomalina, índice de patogenicidad del suelo y el potencial de mineralización de nitrógeno. Todas ellas fueron evaluadas en un sitio con tres años de aplicación de BETA. Entre los resultados principales resalta que la aplicación de BETA aumentó el CBM del suelo (aunque no de forma significativa), las enzimas del suelo (p<0,05) y algunos grupos funcionales (p<0,05). El IP disminuyó con la aplicación de BETA de forma significativa (p<0.05) y el PMN, fue significativamente alto (p<0.05) en el suelo tratado con BETA. No se detectaron variaciones significativas para las variables químicas. En este trabajo las variables biológicas CBM, actividad enzimática de AcPh, NMP de diazótrofos, microorganismos celulolíticos, IP y PMN surgieron como indicadores razonables para evaluar y monitorear los efectos de la aplicación del BETA.