La soja (Glycine max (L.) Merr.) establece simbiosis con rizobios que le permiten obtener nitrógeno del aire mediante la fijación biológica de N₂. En nuestro país se formulan inoculantes con dos cepas de Bradyrhizobium elkanii U1301 y U1302. En países limítrofes se utilizan cepas de otras especies como B. japonicum E109 (Argentina) y B. diazoefficiens SEMIA5080 (Brasil). El estudio de las poblaciones de rizobios naturalizados del suelo resulta relevante debido a que pueden competir con los inoculantes y algunas podrían presentar mejor eficiencia simbiótica. El objetivo de este trabajo fue estudiar desde el punto de vista genético y simbiótico una colección de cepas de rizobios naturalizados que nodulan soja aislados en Uruguay. De los 47 aislamientos evaluados se seleccionaron 10 cepas naturalizadas cuyo perfil de PCR-BOX presentó menos del 80% de similitud con las cepas de referencia (U1301, U1302, E109 y SEMIA5080). Mediante la técnica de multilocus sequence analysis (genes 16S rRNA, atpD, gyrB yrpoB) se identificaron 5 cepas pertenecientes a la especie B. elkanii y 4 a B. japonicum. No se pudo identificar la especie de la cepa restante (CA2) pero se sugiere su pertenencia a la especie B. ferriligni. El análisis de los genes nifH y nodY/K, sugiere que las cepas U1301 y U1302 podrían haber transferido verticalmente estos genes a las cepas naturalizadas de B. elkanii y horizontalmente a la cepa Bradyrhizobium sp. CA2. El análisis multivariado de los datos de la evaluación de la eficiencia simbiótica en condiciones gnotobióticas mostró un mejor desempeño de las cepas comerciales y naturalizadas de B. elkanii frente a B. japonicum. En el ensayo de invernáculo donde se usó suelo con alta carga de rizobios, se destacaron las cepas B. japonicum SJ1 y B. elkanii CL1, cuya inoculación provocó en las plantas mayor biomasa que la mezcla U1301:U1302. Es de interés continuar caracterizando estas cepas naturalizadas, así como evaluar su comportamiento en diferentes variedades de soja y condiciones edafoclimáticas.