En las últimas décadas con el advenimiento de las técnicas genómicas de alto rendimiento, comenzó a ser posible el análisis de la secuencia del genoma y el perfil de expresión génica de largas series de cánceres de mama (CM). En este trabajo, se reconocen las fortalezas y limitaciones de los nuevas técnicas genómicas, las micromatrices y la secuenciación de nueva generación, y los avances genómicos en cáncer de mama gracias a su introducción en el campo de investigación clínica. La secuenciación de nueva generación ha permitido identificar tanto en el exoma como en la región no codificante, mutaciones frecuentes, amplificaciones de regiones cromosómicas, polimorfismos de un solo nucleótido y otras variantes que contribuyen al proceso de carcinogénesis o de diseminación a distancia en el CM. La posibilidad de secuenciar el genoma de grandes series de muestras tumorales llevó al surgimiento de consorcios internacionales como el Proyecto Atlas del Genoma del Cáncer y el Cancer Genome Consortium. A través de ellos se ha revelado la gran heterogeneidad genómica que caracteriza al CM. A su vez la secuenciación de regiones no codificantes ha demostrado la existencia de alteraciones en micro ARNs, reguladores post-transcripcionales del ARNm, que estarían involucrados en la carcinogénesis y progresión a metástasis. Las micromatrices, experimentos de alta reproducibilidad y de sencilla interpretación en los datos obtenidos, han hecho importantes contribuciones a la definición de los subtipos intrínsecos del cáncer de mama y al surgimiento de nuevos biomarcadores pronósticos y predictivos, ambos basados en el análisis de los perfiles de expresión génica. Otro campo desarrollado gracias a la introducción de éstas técnicas fue la farmacogenómica. En cuanto al CM, es posible el análisis de variantes genéticas interindividuales a nivel de transportadores moleculares, enzimas metabolizadoras o vías de señalización intracelular que se asocian con una respuesta individual distinta a los fármacos de hormonoterapia y quimioterapia usados en el CM. Se destaca el rol de los avances genómicos en CM en el Uruguay, tanto en la práctica clínica como en la investigación científica. Por último, se reconoce el papel de dichos avances en el desarrollo de una medicina personalizada que permita un tratamiento individualizado evitando efectos adversos, gastos innecesarios y por sobretodo que logre aumentar la sobrevida y la calidad de vida de los pacientes.